Lupus najčastejšie postihuje zápalom pohrudnicu (pleuritída), ktorý sa môže prejavovať pichavými bolesťami na hrudníku, ktoré sa zvýrazňujú pri nádychu alebo kašli. Niekedy sa v pohrudničnej dutine hromadí tekutina. Podľa jej množstva pacient nemusí mať žiadne ťažkosti alebo sa prejavuje zhoršujúcim sa zadýchavaním. U pacientov s lupusom sa môže vyskytnúť aj neinfekčný zápal pľúc, ktorý je často sprevádzaný aj teplotami. Medzi závažné pľúcne komplikácie patrí upchatie pľúcnych ciev krvnou zrazeninou - pľúcna embólia. Často sa u pacientov s lupusom vyskytujú infekcie dýchacích ciest, a to najmä pri aktívnej forme choroby, v dôsledku liečby glukokortikoidmi a imunosupresívami.