Lupus môže mať aj množstvo rôznych neurologických a psychiatrických prejavov. Najčastejším príznakom sú bolesti hlavy, prípadne migrény. Niekedy sa môžu objaviť aj závraty, epileptické záchvaty, poruchy zraku, tŕpnutie končatín, mozgové príhody s ochrnutím končatín. Diagnostika a liečba týchto prejavov vyžaduje spoluprácu s neurológom. Inými prejavmi lupusu môžu byť zmeny správania, zmätenosť, problémy s pamäťou a sústredením, prípadne rôzne formy depresie, ktoré vyžadujú psychiatrickú liečbu.