Farmakologická alebo medikamentózna liečba znamená užívanie liekov vo forme tabliet, injekcií, infúzií, prípadne aj mastí alebo očných kvapiek. Vzhľadom na chronický charakter ochorenia táto liečba býva zvyčajne dlhodobá, u viacerých pacientov často celoživotná. Výber lieku alebo ich kombinácií závisí na aktivite ochorenia a pridružených komplikácií. Liečba by mala primerane reagovať na aktuálne klinické príznaky a predchádzať orgánovému poškodeniu, no zároveň by nemala prinášať vysoké riziko nežiaducich účinkov.

Pri liečbe lupusu sa najčastejšie používajú nesteroidové protizápalové lieky, glukokortikoidy, antimalariká a imunosupresíva. Hlavnou úlohou tejto liečby je potlačiť autoimunitný zápal, ktorý vedie k poškodzovaniu vlastného tkaniva.

Nesteroidné protizápalové lieky - predstavujú veľkú skupinu liekov, ktoré sa podávajú predovšetkým na potlačenie bolesti a zápalu kĺbov, bolestí svalov a horúčky. Táto liečba nemusí byť dlhodobá. Po potlačení zápalu sa liečba môže prerušiť a podávať len podľa potreby pri objavení sa bolestí. Tieto lieky majú však aj veľa vedľajších účinkov - najmä na tráviaci trak (riziko krvácania), ale aj obličky a vysoký krvný tlak. Opatrnosť pri výbere týchto liekov treba u pacientov, ktorí súčasne užívajú aj lieky na zrážanie krvi, ako je napríklad warfarin. Za rizikových sa považujú aj tí pacienti, ktorí už prekonali vredovú chorobu, pacienti s ochorením obličiek, vysokým krvným tlakom a starší ľudia.

Antimalariká sa využívajú najmä pri liečbe miernejších až stredne závažných prejavov lupusu. Najčastejšie sa podávajú na potlačenie kožných foriem ochorenia, zápalov kĺbov, svalov, na potlačenie horúčky, ale aj serozitídy (zápalu blán vystieľajúcich pohrudničnú dutinu, brucho alebo srdce). Z tejto skupiny liekov sa najčastejšie používa hydroxychlorochín (Plaquenil) a chlorochín (Delagil). Užívajú sa zvyčajne raz denne, sú väčšinou dobre tolerované a môžu sa podávať dlhodobo. Medzi vedľajšie prejavy týchto liekov patrí postihnutie oka. Preto pacienti liečení touto liečbou musia chodiť na pravidelné kontroly k očnému lekárovi.

Glukokortikoidy sa používajú na liečbu stredne ťažkých a ťažkých foriem lupusu. Zvyčajne sa podávajú vo forme tabliet, v prípade ťažkých foriem ochorenia vo forme infúzií. Pri kožných formách lupusu sú aplikované aj vo forme mastí. Dávky prednizónu závisia od aktivity ochorenia. V úvode ochorenia sú zvyčajne podávame vyššie dávky, ktoré sa následne podľa aktuálneho stavu postupne znižujú. Väčšina pacientov túto liečbu potrebuje dlhodobo, aj celoživotne. Glukokortikoidy majú zvyčajne rýchly účinok na potlačenie zápalu. Majú však aj pomerne veľa nežiaducich účinkov. Výskyt vedľajších účinkov sa zvyšuje dlhodobým podávaním vysokých dávok glukokortikoidov. U týchto pacientov sa postupne zagulaťuje tvár („mesiačikovitá" tvár), tvoria sa vyrážky podobné akné, pri dlhodobej liečbe sa koža stenčuje a môže sa ľahšie poraniť, svaly ochabujú. Liečba glukorkotikoidmi môže spôsobiť tráviace ťažkosti, až vznik vredu, zvýšenie krvného tlaku alebo vznik cukrovky. Dlhodobá liečba môže spôsobiť aj šedý zákal na očiach, rednutie kostní - osteoporózu s následným rizikom vzniku zlomenín. Bez glukokortikoidov však u väčšiny pacientov nemožno túto chorobu liečiť. Pri podávaní prednizónu treba na tieto vedľajšie prejavy pamätať a snažiť sa im predchádzať režimovými opatreniami, diétou s bohatým obsahom vápnika a pravidelným cvičením.

Imunosupresíva prestavujú skupinu liekov, ktorej hlavnou úlohou je potlačenie aktivity imunitného systému, ktorý vedie k poškodzovaniu vlastného tkaniva. Medzi najčastejšie používané imunosupresíva patrí azatioprín, cyklofosfamid, methotrexát a cyklosporín A. Ich nástup účinku je oproti glukokortikoidom pomalší, ale dlhodobejší. Tieto lieky majú udržať chorobu pod kontrolou, a tým následne umožniť znižovanie dávky glukokortikoidov.

Azatioprín sa podáva u pacientov s orgánovými komplikáciami vo forme tabliet. Liečba býva zvyčajne dlhodobá. Medzi vedľajšie prejavy tejto liečby patria tráviace ťažkosti, vzostup pečeňových enzýmov a útlm krvotvorby s poklesom bielych krviniek, krvných doštičiek i červených krviniek. U každého pacienta sa preto počas liečby sledujú hodnoty krvného obrazu a pečeňových enzýmov.

Cyklofosfamid je považovaný za účinnejší ako azatioprín. Podáva sa najmä pri vysoko aktívnych formách lupusu so závažnými orgánovými komplikáciami. Používa sa vo forme tabliet alebo infúzií. Infúzie sú podávané úvodne zvyčajne v mesačných intervaloch, ktoré sa podľa stavu môžu postupne predlžovať. Medzi najčastejšie nežiaduce účinky patria tráviace ťažkosti a vzostup pečeňových enzýmov, útlm krvotvorby, zápal močového mechúra, zvýšený výskyt infekcií a poruchy menštruačného cyklu. Cyklofosfamid sa zvyčajne nepodáva viac ako dva roky. Po prerušení liečby sa k nej v prípade vzplanutia choroby možno opätovne vrátiť. Počas liečby sa pravidelne kontroluje krvný obraz, pečeňové enzýmy a močový sediment.

Methotrexát sa podáva hlavne tým pacientom, u ktorých sú v popredí ťažkostí kožné zmeny alebo postihnutie kĺbov, prípadne zápaly seróznych blán. Podáva sa zvyčajne raz týždenne vo forme tabliet alebo podkožných injekcií. Počas liečby sú tiež potrebné pravidelné kontroly krvného obrazu a pečeňových enzýmov, ako aj funkcie pľúc..

Cyklosporín A sa používa u niektorých foriem postihnutia obličiek, ale hlavne u tých pacientov, u ktorých nemožno z nejakého dôvodu podať iné imunosupresíva. U takto liečených pacientov treba pravidelne kontrolovať kreatinín a hodnoty krvného tlaku.

Ďalšia liečba: medzi ďalšie lieky podávané pri liečbe lupusu patria aj intravenózne imunoglobulíny, lieky na vysoký krvný tlak, ochranu žalúdka pri liečbe glukokortikoidmi, liečbu osteoporózy, lieky proti zrážaniu krvi a ďalšie.